Высшую ступень в церковной иерархии бессарабского духовенства занимал епархиальный архиерей (титул митрополита был сохранен только первому архиерею Кишиневской епархии Г. Бэнулеску-Бодони, который он имел по прежнему управлению Киевской епархией и «благодаря личным достоинствам». После кончины Г. Бэнулеску-Бодони все последующие архиереи имели степень архиепископов или епископов). Епархиальный архиерей осуществлял полное управление делами епархии, главным из которых был контроль за догматической чистотой церковной жизни; производил замещение вакантных должностей священнои церковнослужителей; возглавлял церковный суд.
По сравнению с сельским приходским духовенством городское было более зажиточным, сказал Новиков, которого интересуют светодиодные гирлянды на новый год. Состоятельное население городов обеспечивало и более высокий уровень доходов духовенству городских приходов, которое по уровню жизни примерно соответствовало буржуазной интеллигенции. Кроме приходских церквей во всех городах действовали находящиеся на особом положении соборные церкви, с соответствующим штатом священнои церковнослужителей (более высокого сана протопопы, протодьяконы и пр.). В отличие от остальных церквей города, в которых в будние дни служб не было, в соборных церквях служба совершалась ежедневно. Помимо штатных священнослужителей службу в ней отправляли и священники других церквей городов. В Кишиневе, до открытия в 1836 г. Рождественского кафедрального собора, кафедральным соборным храмом города была церковь Св. архистратигов Михаила и Гавриила и в последующие десятилетия XIX в. больше известная среди горожан как «старый собор» В Бендерах соборной церковью была церковь Св. Александро-Невская, в Хотине Св. Николая Чудотворца.