В успешном заселении Приамурья и Приморья важным могло стать использование американского колонизационного опыта, предусматривавшего передачу земли в собственность вольным переселенцам. Однако в Петербурге и к этим планам отнеслись с предубеждением. Только в 1861 г. были утверждены правила для переселения на Амур, но в них так и не была реализована мысль Муравьева о свободном заселении нового края. Сибирский комитет не поддержал Муравьева, разъяснив: «Правительство, не встречая никакой побудительной причины желать особенно поспешного заселения Амурского края, который должен, так сказать, составлять поземельный запас для России в будущности, не имеет надобности и дарить принадлежащие ему земли в собственность частным лицам или даже продавать их за бесценок, когда, без малейшего сомнения, страны, прилегающие к Амуру, будут с каждым годом приобретать и большее значение, и большую ценность, по мере развития Европейской и Американской промышленности и торговли на Восточном океане». Это было не просто бюрократической препоной, в переселенческом вопросе столкнулись два видения будущего российского Дальнего Востока. В отличие от многих петербургских сановников, считавших, что с установлением новых имперских границ на востоке амурская эпопея закончилась, Муравьев настаивал на продолжении активной дальневосточной политики, переведя ее в фазу экономического и демографического закрепления новых территорий за Россией.
В условиях трудности организовать русское переселение Муравьев, считал особо важным привлечь на свою сторону бурят, сделать их верноподданными империи. Этому должны были послужить меры по поземельному устройству бурят, организация у них суда и самоуправления, регламентация положения ламаистского духовенства. При этом преследовалась цель снизить религиозную зависимость бурят от ламаистских центров в Монголии и Тибете. Стремление опереться на поддержку аборигенного населения было традиционным в российской политике на востоке. В рамках этой политики на границе с Китаем было создано забайкальское инородческое войско, включившее в свой состав на правах казаков тунгусов и бурят. В 1851 г. инородческие полки вошли в состав Забайкальского казачьего войска, а бурятским и тунгусским казакам отвели земли на привилегированных условиях.